פירוק של עמותה קיימת יכול להתרחש בשני מקרים: בהתאם להחלטה שקיבלו חברי העמותה באסיפה הכללית (פירוק מרצון), או מתוקף צו שניתן מבית המשפט.

במקרה של פירוק מרצון – יש להודיע לכל חברי העמותה 21 יום מראש על הכוונה להעלות את ההצעה למליאת האסיפה הכללית. בטרם קיום האסיפה יש לוודא כושר הפירעון של העמותה ועל סמך זאת להגיש תצהיר של רוב חברי הוועד לפיו בתוך שנה תוכל העמותה לפרוע את מלוא חובותיה.

אישור החלטה על פירוק מרצון תאושר במליאה ברוב של שני שלישים מן המצביעים (אלא אם נקבע אחרת בתקנון העמותה). בהחלטה יש לכלול מינוי של מפרק לעמותה שתפקידו לטפל בהליך הפירוק, בכינוס נכסי העמותה וגביית חובותיה, ובהעברת יתרת הנכסים לעמותה בעלת מטרות דומות ע"פ ההוראות החלות בעניין זה. מעת קבלת ההחלטה על פירוק מרצון תרוכז פעילות העמותה בידי המפרק בלבד, ותעסוק אך ורק בנושאים הדרושים להשלמת הליך הפירוק.

פירוק עפ"י צו בית משפט – את הבקשה לפירוק עשוי להפנות לבית המשפט אחד מהגורמים הבאים: היועץ המשפטי לממשלה, רשם העמותות, אחד מנושי העמותה, או העמותה עצמה. עילות אפשריות למתן צו לפירוק מבית המשפט יכולות להיות העדר כושר פירעון של העמותה, אי עמידה בתקנון ובמטרות של העמותה, או הפרת החוקים והתקנות הכלליים להתנהלות עמותות. צו לפירוק בידי בית המשפט יוכל להינתן גם לעמותה שכבר החלה בפירוק מרצון.